從色譜原理上分類，離子色譜屬液相色譜的一種，但由于離子色譜與普通液相色譜在結構和分析對象上有一些差異，一般作為獨立的一個色譜大類考慮。離子色譜與液相色譜的差別主要體現在儀器結構和應用范圍兩個方面。 　　

1、在儀器結構方面：離子色譜和液相色譜均有溶劑輸送系統、進樣系統、檢測系統和信號記錄和處理系統，但由于離子色譜和液相色譜所用的流動相不同，因而檢測方式及信號處理也不同，在各部件上有一些差別。 　　
1）離子色譜一般采用酸、堿及鹽的水溶液作為流動相，要求系統可以耐酸、耐堿，因此通常離子色譜裝置采用非金屬材質。例如：采用聚醚醚酮（PEEK）塑料作為泵體、流路和閥體等要求耐高壓的部分，而以聚四氟乙烯或PEEK材料作為檢測器，外接管路等。由于加工和強度方面的差異，一般情況下全塑的材料在耐壓強度和精度上比金屬材料要略低一些。 　
液相色譜一般采用有機溶劑作淋洗液，因此多數采用金屬泵體，可以耐任何類型的有機溶劑，但對于酸或堿性流動相，易產生腐蝕現象。隨著液相色譜在生物領域的廣泛應用，為了避免金屬對一些生物活性物質的吸附作用，一些在生物方面應用的液相色譜儀器也采用PEEK材料作為泵體、流路和閥。在這一領域，離子色譜和液相色譜具有了一定的通用性。
2）離子色譜可分為抑制型和非抑制型，采用抑制器的抑制型離子色譜目前應用廣泛。液相色譜沒有類似的裝置。抑制器在結構上與液相色譜的柱后衍生系統相似，但抑制器是抑制型離子色譜*組件之一。非抑制型離子色譜不用抑制器，與液相色譜十分相似，一些非抑制型離子色譜有時可以采用液相色譜的泵、流路和進樣閥。
3)檢測器是離子色譜與液相色譜的又一主要差別。液相色譜常采用紫外-可見光度檢測器；而離子色譜較通用的是電導檢測器。 　　

2、離子色譜與液相色譜的分析對象差別很大。
液相色譜作為分析儀器中廣泛使用的一類儀器，在許多領域中被廣泛應用。采用液相色譜時，常要求被測物具有一定光度吸收，因此液相色譜一般可以用于有機化合物的分析。而離子色譜主要利用離子在水溶液中電離產生電導的特點，因而主要用于無機離子的分析。 　　
當然，離子色譜和液相色譜的應用并不是的沒有交叉，目前離子色譜已經廣泛用于有機化合物的分析，而液相色譜也可以解決大量無機離子的分析問題，兩種分離模式具有一定的互補性。一些液相色譜無法解決的分析難題，可以嘗試用離子色譜的方法來解決。