在色譜柱中，填充了無數的離子交換劑作為離子分離的固定相，固定相上吸附了很多陽離子。充滿色譜柱的流動相為某種鹽的溶液，在沒有樣品進入時，流動相中的陰離子和固定相的陽離子保持平衡。樣品中含有兩種待分離陰離子，基中體積較大的A與固定相的正電荷作用力較大，而體積較小的B作用力小。在樣品進入色譜柱后，陰離子A、B與流動相陰離子一同前進，三種離子不斷的交替占據與固定相陽離子相吸的位置；樣品陰離子A與正電荷的作用力較大因而移動較慢，而B移動較快，從而實現了分離。終，因為流動相陰離子的數量有優勢，所以樣品陰離子A、B都分流出色譜柱，對在不同時間流出色譜柱，對在不同時間流出色譜柱的樣品離子進行檢測，就可以知道樣品組分的種類與含量。

　　離子色譜儀的主要用途

　　1、環境分析：是其生產初期重要的應用，應用范圍包括地面水、飲用水、雨水、生活污水和工業廢水、酸沉降物和大氣顆粒物等樣品中的陰、陽離子的定性、定量分析。

　　2、廣泛應用于微電子、電力工業中高純水、高純試劑痕量雜質的分析，快速準確而有效果。

　　3、食品飲料分析：食品和飲料中陰陽離子、有機酸、胺和糖類分析與傳統的分析方法相比，離子色譜法的突出優點是多組分同時進行分析，樣品處理簡單，因此成為食品和飲料中陰陽離子、有機酸、胺和糖類分析的較好方法。