IC法分析無機和有機陰陽離子的選擇性主要由選擇適當的分離和檢測系統來達到。與HPLC相比，IC中固定相對選擇性的影響較大。雖然市場上已有數十種不同選擇性的分離柱供選用，但對固定相的研究一直是IC的熱點，每年匹茲堡會都有新的分離柱推出。用電導檢測器時，抑制技術是很重要的，因為可能為干擾源的待測離子的反離子（如測NaCl中)Cl-時，Na+為反離子，測NH4NO3中NH4+時，NO3-為反離子）在抑制反應中將分別與H+或OH-交換，進入廢液。選用溶質特性檢測器以改善某些復雜樣品分析的選擇性，如Cl-無紫外吸收，而NO3-和NO2-有強的紫外吸收，選用紫外-可見檢測器可方便地檢測高Cl-中的NO2-和NO3-。柱后衍生方法的發展提高了對金屬離子、多價陰離子和硫酸鹽等的檢測選擇性。由于IC的選擇性，對樣品前處理的要求簡單，一般只作稀釋和過濾。  

進口離子色譜柱可同時分析多種離子化合物  

    與光度法、原子吸收法相比，IC的主要優點是同時檢測樣品中的多種成分。只需很短的時間就可得到陰、陽離子以及樣品組成的全部信息。但這種同時檢測的能力受樣品中不同成分之間的巨大濃度差的限制。例如很難同時檢測廢水樣品中的高濃度和低濃度成分，對這種樣品的分析，進口離子色譜柱常用不同的靈敏度設置或不同的稀釋程度作兩次或多次進樣。90年代高容量柱的研制成功較好的解決了上述部分問題，如Dionex公司的IonPacCS15型陽離子分離柱，因其樹脂的修飾基團增加了內徑為1.38nm的冠醚，對K+的保留很強，對K+與NH4+或Na+與NH4+的濃度比高達10000:1的樣品，仍可不作前處理，直接進樣同時檢測。